Sau khi chơi bóng cho đội tuyển trẻ Anh, Iwobi được triệu tập lên Đội tuyển bóng đá quốc gia Nigeria và có trận đấu đầu tiên ra mắt đội tuyển vào ngày 8 tháng 10 năm 2015, thay cho Ahmed Musa ở phút thứ 57 trong trận thua 2-0 giao hữu với Đội tuyển bóng đá quốc gia Congo tại Visé, Bỉ.

Anh được triệu tập tham dự World Cup 2018 tại Nga, giải đấu mà anh đã góp mặt ở cả 3 trận vòng bảng trước các đối thủ Argentina, Croatia và Iceland. Đội tuyển Nigeria sau đó rời giải với vị trí thứ 3 vòng đấu bảng. Một năm sau, anh tiếp tục có tên trong thành phần đội tuyển Nigeria tham dự cúp bóng đá châu Phi 2019 tại Ai Cập. Tại giải đấu này, anh chỉ có được một bàn thắng trong trận thắng Cameroon với tỉ số 3-2, chung cuộc Nigeria kết thúc giải với vị trí thứ ba chung cuộc.